Como complemento às Redes de Instituições Estruturantes dos Sistemas Nacionais de Saúde dos países da CPLP, surgem as redes temáticas de investigação, as quais dão suporte técnico-científico aos Ministérios da Saúde e às redes de instituições.
Merecem especial destaque as Redes de Investigação e Desenvolvimento em Saúde da CPLP (RIDES-CPLP) em Infeções de Transmissão Sexual e VIH/SIDA, Malária – Paludismo (RIDES-Malária) e Tuberculose (RIDES-Tuberculose).